Tο Αριστοτέλειο Πανεπιστήμιο Θεσσαλονίκης ιδρύθηκε το 1925 με εισήγηση του Αλεξάνδρου Παπαναστασίου και άρχισε να λειτουργεί με πέντε Σχολές: τη Θεολογική, τη Φιλοσοφική, τη Σχολή Νομικών και Οικονομικών Επιστημών, την Ιατρική και τη Σχολή Φυσικών και Μαθηματικών Επιστημών. Η Σχολή Φυσικών και Μαθηματικών Επιστημών συμπληρώθηκε σταδιακά με το Φυσικό, το Μαθηματικό, το Χημικό, το Φυσιογνωστικό (Βιολογικό-Γεωλογικό) και το έτος 1955 με το Φαρμακευτικό Τμήμα.
Στο νεοϊδρυμένο Φαρμακευτικό Τμήμα, των είκοσι φοιτητών ετησίως, δίδασκαν δέκα καθηγητές και τέσσερις υφηγητές από τους οποίους οι έξι ανήκαν στη Φυσικομαθηματική Σχολή και πέντε στην Ιατρική. Όπως αντιλαμβάνεται κανείς η Φαρμακευτική Θεσσαλονίκης ξεκίνησε τη ζωή της κάπου ανάμεσα στη Φυσικομαθηματική και την Ιατρική, μια θέση που θα διατηρήσει ως τις μέρες μας.
Το τμήμα Φαρμακευτικής αποτελούνταν αρχικά από δύο έδρες: α) Φαρμακευτικής Χημείας μετά στοιχείων Φαρμακογνωσίας, και β) Φαρμακοτεχνίας και Φαρμακευτικής Τεχνολογίας και από δύο εργαστήρια α) Φαρμακευτικής Χημείας μετά στοιχείων Φαρμακογνωσίας και β) Φαρμακοτεχνικόν και Ελέγχου Φαρμάκων. Τα φαρμακευτικά μαθήματα πρωτοδίδαξε ο αείμνηστος Κωνσταντίνος Μακρής, ο οποίος δίδασκε Φαρμακογνωσία, Φαρμακευτική Χημεία και Φαρμακοτεχνία.
Γύρω στα 1970 και μετά την απομάκρυνση του καθηγητού Μακρή (1968), τα φαρμακευτικά μαθήματα ανέλαβαν οι αείμνηστοι καθηγητές Γεώργιος Φωκάς (Φαρμακογνωσία και Φαρμακευτική Χημεία) και Νικόλαος Οικονόμου-Πέτροβιτς (Φαρμακευτική Τεχνολογία-Συνταγοτεχνία). Με το νόμο 1268 του 1982 δημιουργήθηκαν δύο τομείς: α) Τομέας Φαρμακευτικής Χημείας και β) Τομέας Φαρμακευτικής Τεχνολογίας με τα αντίστοιχα εργαστήρια της α) Φαρμακευτικής Χημείας και β) Φαρμακοτεχνικόν και ελέγχου φαρμάκων.
Το έτος 1985 δημιουργήθηκε Τομέας Φαρμακογνωσίας – Φαρμακολογίας και ιδρύθηκαν δύο ακόμη εργαστήρια της Φαρμακογνωσίας και της Φαρμακολογίας. Το έτος 1997 δημιουργήθηκε στον Τομέα Φαρμακευτικής Τεχνολογίας το Εργαστήριο Φαρμακευτικής Ανάλυσης.
Aπό της ιδρύσεώς του το Τμήμα Φαρμακευτικής στεγάστηκε στον 3ο όροφο του Χημείου όπου και παρέμεινε μέχρι το 1989. Το έτος 1989 το Τμήμα μεταφέρθηκε σε τρεις ορόφους του κτιρίου Φαρμακευτικής-Βιολογίας όπου στεγάζεται μέχρι σήμερα.