Το έτος 1990-1991 το Τμήμα Φαρμακευτικής κατάρτισε νέο πρόγραμμα σπουδών σε βάση εξαμήνων, σύμφωνα με τις διατάξεις του Ν. 1268/82, άρθρα 24 και 25. Επίσης, η Γενική Συνέλευση του Τμήματος στη συνεδρίασή της αριθ. 135/16-9-92 καθόρισε τους Τομείς που θα έχουν αρμοδιότητα για τη διδασκαλία των μαθημάτων που ανήκουν στο γνωστικό πεδίο τομέων άλλων τμημάτων.
Στο Τμήμα Φαρμακευτικής βρίσκεται σε εξέλιξη από τον Απρίλιο του 2003 το ανταγωνιστικό έργο “Πρόγραμμα Αναμόρφωσης του Προπτυχιακού Προγράμματος Σπουδών” που χρηματοδοτείται από το Υπουργείο Παιδείας και την Ευρωπαϊκή Ένωση (ΕΠΕΑΕΚ ΙΙ). Στα πλαίσια του έργου αυτού πέρα από τις επεμβάσεις στην αναμόρφωση του προγράμματος σπουδών, εισάγεται από το ακαδημαϊκό έτος 2004-2005 ο θεσμός της Συμβουλευτικής προς τους προπτυχιακούς φοιτητές του Τμήματος. Σύμφωνα με το θεσμό αυτόν, κάθε νέος φοιτητής που γίνεται δεκτός στο Τμήμα, θα τελεί για όλη τη διάρκεια των προπτυχιακών του σπουδών υπό την εποπτεία ενός μέλους ΔΕΠ, ο οποίος θα ασκεί το ρόλο του Επιβλέποντα Προπτυχιακών Σπουδών (Ακαδημαϊκού Συμβούλου). Ο καθηγητής αυτός θα παρακολουθεί την πορεία των σπουδών των φοιτητών που του έχουν ανατεθεί από το Τμήμα, και θα ασκεί συμβουλευτικό ρόλο για τα σπουδαστικά τους θέματα.